شرکت مهندسی برسو دارای ساختار سازمانی ماتریسی است متشکل از حوزه مدیریت، واحدهای پشتیبانی، پروژه ها و واحد های مهندسی. مجموعه فعالیتهای مرتبط با هر قرارداد به عنوان پروژه در شرکت تعیین شده و از طریق مدیر هر پروژه ، فعالیتهای طراحی به امور فنی مهندسی ارجاع می گردد  تا در واحدهای مهندسی مختلف موارد لازم طراحی و برون داد آن به مدیران پروژه که مشتری های داخلی سازمان تلقی می گردند تحویل شده تا در اختیار مشتریان طرف قرارداد قرار گیرد. طراحی ها کلیه گستره طراحی مفهومی، پایه و تفصیلی را شامل می گردد. در صورت مسئولیت تامین و اجرا مدیر پروژه و تیم پروژه مسئولیت اجرای طرح ها را با مساعدت واحد های مهندسی و پشتیبانی به عهده دارند